判斷細胞培養基是否長菌（即被污染）主要可以通過肉眼觀察和顯微鏡檢查兩種方式。以下是具體的判斷方法：
肉眼觀察
?細菌污染?：通常在污染后4-6小時，培養基會變得渾濁。有時稍加震蕩，便會有很多混濁物漂起。細菌污染爆發非常快，上午染菌，下午或第二天就爆發，培養基會變渾濁，并且pH發生很大變化，培養基顏色會變化很大，一般是變黃?。
?真菌污染?：真菌污染一般爆發時間在2-3天。在爆發時，培養基里會有肉眼可見的污染物，培養基也開始變渾濁。如果時霉菌污染，爆發時，培養基里肉眼可見一坨一坨的白點；如果是念珠菌，會在顯微鏡下看到一串一串的珠子樣的?。
顯微鏡下觀察
?細菌污染?：在顯微鏡下呈黑色細沙狀，或背景有大量黑點。受細菌污染的細胞形態可能會發生改變（如多角、多核等），胞質中產生空泡、細胞漂浮凋亡?。
?真菌污染?：有些真菌呈類似棉花絮狀的漂浮物。若是念珠菌會呈卵圓狀，在細胞周邊生長。早期并不會使得培養基變黃變渾濁，但在顯微鏡下可觀察到菌絲體。真菌形成的菌絲呈絲狀，管狀，樹枝狀，串珠狀?。
其他判斷方法
?培養基不渾濁，有絲狀物質?：可以初步判斷是真菌污染?。
?培養基不渾濁、沒有絲狀物質，但是細胞狀態變差，生長變慢?：在顯微鏡下觀察可能會有小黑點，是細胞凋亡壞死，釋放出大量碎片，看起來就像黑膠蟲，細胞傳代以后就出現細胞間黑點，細胞空泡化，很多類似凋亡、壞死的細胞，最終細胞漂浮，死亡?。
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