要讓體細胞重新恢復到未分化的狀態需要解決的一個問題就是DNA甲基化的問題，所以說DNA去甲基化問題成為誘導iPS的一個重要難題。
為了研究iPS誘導過程中的相關機制，Helen M. Blau院士的研究小組構建了一個異核體細胞（融合了小鼠胚胎干細胞和人類成纖維細胞），這種異核體誘導的速度比正常的體細胞誘導速度快很多，僅需1天時間，誘導效率高達70%。
用RNAi進行掃描發現，異核體誘導啟動依賴一種蛋白，這種蛋白是AID（胞嘧啶核苷脫氨酶，也稱為AICDA）。AID不僅促進細胞重排過程中的脫甲基作用，更是可以誘導OCT4和NANOG基因的表達（2種iPS誘導過程中的轉錄因子）。AID蛋白對成纖維細胞上的OCT4與NANOG發揮作用，對胚胎干細胞不發揮作用。
將疾病患者體細胞重排為病人特異性的誘導多能干細胞是再生醫學的一個新的創舉。然而，誘導iPS細胞一直存在很多技術上的瓶頸問題，這些瓶頸問題包括：體細胞重排的不一致性，重排效率不高（＜0.1%），重排時間長（2-3周），DNA去甲基化的問題。
DNA甲基化是zui早發現的修飾途徑之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，這常見于基因的5'-CG-3'序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5'端的非編碼區，并成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳，因為DNA復制后，甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。
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